Les tests d'ADN démystifiés

La décision du club américain du bouvier bernois (BMDCA) d'exiger un profil ADN pour pouvoir inscrire un chien à sa prochaine spécialité annuelle remet à l'avant-plan cette technologie qui est pourtant disponible commercialement pour l'espèce canine depuis près de 15 ans.


A la demande de certains membres du CQBB, je vais tenter de vulgariser ici cette technologie que j'ai eu la chance d'apprivoiser en l'utilisant même rétroactivement pour inclure  tous mes chiens reproducteurs nés depuis 1991.

Utilité des tests d'ADN


Les tests d'ADN permettent de valider les liens de parenté. Il faut d'abord réaliser qu'une portée normale est habituellement constituée non pas de jumeaux identiques mais simplement de frères et sœurs nés en même temps. Il peut aussi s'agir de demi-frères et de demi-sœurs si la portée est issue de plus d'un mâle, les chiots ayant évidemment tous la même mère mais pouvant être issus de pères différents de l'un à l'autre.

Le fait de procéder à des tests de parenté systématiquement vient valider tous les efforts de sélection génétique d'un éleveur sur la base de critères de santé qui peuvent dans le cas du bouvier bernois être la dysplasie des hanches ou des coudes, la maladie de Von Willebrand, la sténose sub-aortique ou les affections oculaires.  Elles viennent aussi confirmer l'utilisation de mâles étoiles en conformation ou départager la paternité des chiots issus d'une portée pour laquelle deux mâles reproducteurs auraient été volontairement utilisés.

Utilisation des tests d'ADN par le AKC (American Kennel Club)


Pour préciser un peu le contexte américain de l'élevage, le AKC exige depuis 2000 un test d'ADN sur tout chien mâle qui est à l'origine de plus de sept portées à vie ou de plus de 3 portées au cours d'une même année.



Le AKC permet également depuis 1998 l'enregistrement de portées à géniteurs multiples. En effet, l'utilisation volontaire (pour notamment optimiser le taux de conception) ou par inadvertance de plus d'un mâle reproducteur pour la saillie d'une chienne n'empêche pas chez nos voisins du sud l'enregistrement de tous les chiots en autant que les tests de paternité aient été complétés individuellement pour chacun des chiots issus d'une telle portée.



Le AKC a également mis sur pied un programme d'inspection au hasard des chenils et ses inspecteurs complètent dans le cadre de leur travail des tests de parenté sur divers chiens de chaque élevage désigné afin de vérifier la validité des registres et enregistrements. La possible découverte d'erreurs par ces tests met une pression supplémentaire sur les éleveurs pour qu'ils aient une bonne tenue de leurs dossiers et qu'ils évitent des sanctions sévères.



Le club américain du bouvier bernois est notamment l'un des clubs qui exerce le plus de pressions sur le AKC pour que ces tests soient éventuellement étendus à tous les chiens reproducteurs, mâles et femelles. 

Quelle est la logique scientifique derrière ces tests?


Pour vulgariser un peu leur interprétation, rappelons nous que tous les êtres vivants sexués sont le résultat de la transmission génétique au hasard de la moitié du bagage génétique de leur père et de la moitié de celui de leur mère. La chaîne d'ADN est l'inscription biologique de notre code génétique et il s'en trouve une copie dans le noyau de chacune de nos cellules (à l'exception des globules rouges qui n'ont pas de noyau).

Comment se font les prélèvements?


Le laboratoire américain accrédité par le AKC est MMI Genomics, lequel est situé en Californie. Le prélèvement de l'échantillon peut être fait par l'éleveur lui-même en ayant préalablement commandé le kit spécial auprès du AKC.  Cet ensemble inclut notamment une petite brosse que l'on prendra soin de frotter à plusieurs reprises sur l'intérieur de la joue du chien pour autant qu'il n'ait pas mangé dans l'heure précédente. Cette petite brosse est remise sans lui toucher à l'intérieur de son enveloppe et elle est envoyée par la poste régulière au AKC pour analyse ultérieure au laboratoire de MMI Genomics.

Quel en est le coût?


Les frais des test d'ADN réalisés pour le AKC sont de 40 $ si payés au moment de l'envoi ou de 35 $ pour les ensembles pré-payés.

Comment interpréter les résultats?


Nous examinerons le résultat d'un test basé sur le décodage de 10 sites différents qui servent de marqueurs génomiques.



Voici d'abord le résultat d'un mâle reproducteur suivi de celui d'une chienne :



 



Voici maintenant le résultat d'un chiot que l'on présume issu des deux géniteurs précédents :






Pour valider le lien de parenté, nous devons pouvoir expliquer chacun des allèles exprimés ici par ceux disponibles sur le génotype des deux parents. Dans le cas qui nous occupe, le chiot possède deux allèles identiques pour le marqueur PEZ01. Il est dit homozygote pour ce marqueur, étant doublement porteur d'un même allèle représenté par la lettre D. Au même marqueur, chacun des deux parents possèdent effectivement la lettre D. Pour le gène PEZ03, le chiot est hétérozygote ayant reçu deux informations différentes de chacun de ses deux parents. Le père a ici pu fournir l'allèle E mais pas le D qu'on retrouve cependant chez la mère au même endroit. Pour le gène PEZ05, la lettre C ne peut provenir que du père alors que les deux parents pouvaient fournir la lettre A. Poursuivez l'exercice pour chacun des marqueurs. Le fait que chacune des lettres s'expliquent par celles des deux parents vient confirmer que les liens de parenté sont vérifiés. Une exclusion sur un seul marqueur vient disqualifier l'un ou les deux parents. Par exemple, le mâle ne peut fournir que les lettres C et D au gène PEZ01. Un chiot qui aurait G et H pour ce site ne pourrait évidemment pas en être issu.



Pour terminer l'exercice voici le résultat d'un deuxième chiot issu de cette même portée et qui qualifierait aussi comme progéniture des deux reproducteurs précédents même s'il possède des gènes semblables et d'autres différents de ceux de son frère.




Le test d'ADN retenu par le AKC est maintenant constitué de 14 gènes pour en augmenter la précision, le dernier représentant le sexe qui est vérifié et représenté par XY pour un mâle et XX pour une femelle.  En voici un exemple :


Y a-t-il d'autres applications que les tests de parenté?


Outre la vérification de parenté, certains tests d'ADN sont maintenant en application pour vérifier le génotype d'un chien pour une maladie régie par un gène simple telle la maladie de Von Willebrand chez le bouvier bernois.  L'avenir verra décoder de plus en plus de secrets du génome canin. La dysplasie de la hanche et les shunts porto-systémiques sont notamment déjà l'objet de recherches en ce sens dans notre race.

En conclusion


Le AKC indique maintenant les numéros des profils ADN sur ses pedigrees, les validant ainsi , au même titre que les numéros de certification de l'OFA.



Quand sera la veille du jour où le CKC fera de même ou permettra l'enregistrement de portées à géniteurs multiples ?  Il nous est permis d'y rêver… mais je peux vous assurer qu'il y songe déjà…



Simon Verge, m.v.


Liens


http://www.mmigenomics.com/products2.html

http://www.akc.org/dna/index.cfm

http://www.akc.org/dna/test_kits.cfm




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